Madeleine vient du grec Magdalênê, lui-même dérivé de l'araméen et de l'hébreu Magdala, nom d'un village de pêcheurs situé sur les rives du lac de Tibériade, en Galilée. Le sens littéral se rattache à la racine hébraïque migdal, « la tour ». Ainsi, le prénom Madeleine signifie « celle de Magdala », c'est-à-dire l'habitante de la cité à la tour. Cette origine géographique fait de Madeleine un toponyme devenu prénom, à la manière de nombreux surnoms bibliques.
Le nom traverse d'abord le grec des Évangiles avec Marie de Magdala, la Magdalênê, avant de passer au latin médiéval sous la forme Magdalena. C'est de cette forme latine que découlent presque toutes les déclinaisons européennes. En perdant peu à peu le « g » dur, la prononciation française a donné Madelaine puis Madeleine, tandis que d'autres langues conservaient la trace du Magdala initial.
Les variantes du prénom Madeleine sont nombreuses selon les frontières : Magdalena en Espagne, en Pologne et dans les pays germaniques, Maddalena en Italie, Magdalene en anglais et en allemand, Madalena au Portugal, ou encore les diminutifs devenus prénoms à part entière comme Magali et Manon en Provence. En français, on croise aussi les graphies Madelaine ou Magdeleine, plus rares et archaïsantes.
Dans la culture francophone d'aujourd'hui, Madeleine bénéficie du grand retour des prénoms rétro à la patine ancienne. Longtemps associé aux arrière-grands-mères, il séduit de nouveau les familles attirées par les sonorités désuètes et tendres. Sa musicalité en trois syllabes, ses diminutifs affectueux et son ancrage littéraire lui donnent une place singulière dans le paysage des prénoms français contemporains.